被罚医院的违法事实是：未将医疗废物按照类别分置于防渗漏、防锐器穿透的专用包装物或者密闭的容器内。依据《医疗废物管理条例》第四十六条第（二）项的规定，市卫健委对该医院处以警告并罚款2000元的行政处罚。
市卫健委相关负责人介绍，医疗废物是指医疗卫生机构在医疗、预防、保健以及其他相关活动中产生的具有直接或者间接感染性、毒性以及其他危害性的废物。《医疗废物管理条例》第四十六条第（二）项规定，医疗卫生机构、医疗废物集中处置单位未将医疗废物按照类别分置于专用包装物或者容器的，处5000元以下的罚款；逾期不改正的，处5000元以上3万元以下的罚款。
